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研究提出蛋白质潜在语言实现自回归生成
研究者提出两种可学习的潜在蛋白质语言：PLL 将序列映射到基于冻结 ESM-2 的 4096 状态上下文词表，SLL 则适配 GCP-VQVAE Lite 并保留骨架坐标解码。在各自 token 上预训练自回归模型得到 PLLM 与 SLLM，序列生成中低熵样本比例下降 54%，结构预测困惑度降低…
arXiv cs.LG27 天前
#结构预测
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TorchCraft：反转全原子结构预测器实现统一结合体设计
研究提出TorchCraft，通过冻结的全原子结构预测器优化序列logits，统一支持微型结合体、VHH、环肽与配体结合蛋白设计。基于AlphaFold 3预训练权重，生成的微型结合体与VHH在四个靶点上经实验验证具有结合能力，无需事后序列重设计。该框架将预测器反转扩展到多种结合体形式与分子场景。
arXiv cs.AI45 天前
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SimpleDesign：蛋白质序列与结构联合设计模型
蛋白质功能由氨基酸序列与三维结构的复杂交互决定。SimpleDesign 提出联合模型，避免现有多阶段训练中先训自编码器再训生成模型的流程，实现序列与结构的协同设计。
Apple Machine Learning Research52 天前