★ 4
Anthropic：Claude 设计出抗蝎毒神经毒素蛋白结合体
Anthropic 让内部研究模型 Claude 在 64 小时内自主设计针对蝎毒神经毒素的微型蛋白结合体，共生成 31.8 万个设计并选出 211 个送检，其中 17 个通过结合标准。Anthropic 公开全部设计与数据，但强调尚未验证其能否中和毒素，不宣称已制成抗毒血清。
Hacker News12 天前
#蛋白质设计
共 13 篇相关资讯，按重要度与时间排序，每 3 小时更新。
★ 4
分子之心QuantaMind登上Science Advances，让AI为分子世界拍电影
分子之心（QuantaMind）的研究成果发表于 Science Advances，标志着AI蛋白质设计迈入“动态时代”。该工作让AI能够刻画蛋白质等分子的动态构象变化，而非仅停留在静态结构预测，有望推动药物设计与功能蛋白开发。
量子位48 天前
★ 3
分子之心AI制药19项目18成功，6个GPCR靶点全命中
国产AI制药公司分子之心公布成果：19个项目中18个成功，6个GPCR靶点全部命中，精度达AlphaFold 3的两倍，并在高难度抗体设计上取得突破。这显示国产AI蛋白质设计在靶点发现与抗体工程环节的实用化能力进一步提升。
量子位4 天前
★ 3
谷歌实现 AI 设计蛋白质的水印标记
谷歌研究人员找到为 AI 生成的蛋白质序列嵌入水印的方法，可在不改变蛋白功能的前提下标记其 AI 来源。该技术有助于追踪 AI 设计生物分子的来源与合规性，对生物安全治理具有潜在意义。
Hacker News – AI32 天前
★ 3
AI 生成蛋白质的功能保持型水印
Nature 发表研究，提出对 AI 生成蛋白质进行功能保持型水印的方法，可在不改变蛋白功能的前提下嵌入可追溯标识。该工作对 AI 生物设计的安全与溯源有重要意义。
Hacker News – AI32 天前
★ 3
Protein-TetSphere：蛋白质体积几何表示
现有蛋白质几何模型多依赖表面局部特征，未显式建模表面下的体积结构。论文提出Protein-TetSphere，将每条蛋白链四面体化并配准到统一拓扑参考，在拉普拉斯基下建立一致的残基级体积坐标。在配体结合口袋分类、蛋白互作界面预测和从头设计任务上均取得提升，粘合剂设计成功率显著提高。
arXiv cs.AI32 天前
★ 3
Spectral Feedback：蛋白质扩散模型测试时对齐新算法
论文提出 Spectral Feedback 算法，通过反馈循环选择编辑位置，让离散扩散模型迭代修正自身生成结果，将「重访哪些 token」视为对齐的核心问题。作者发现蛋白质逆折叠的编辑集价值函数具有稀疏傅里叶表示，从而可高效学习与优化。该方法模型无关，在蛋白质稳定性奖励下使预训练模型稳定蛋白提升…
arXiv cs.AI34 天前
★ 3
TorchCraft：反转全原子结构预测器实现统一结合体设计
研究提出TorchCraft，通过冻结的全原子结构预测器优化序列logits，统一支持微型结合体、VHH、环肽与配体结合蛋白设计。基于AlphaFold 3预训练权重，生成的微型结合体与VHH在四个靶点上经实验验证具有结合能力，无需事后序列重设计。该框架将预测器反转扩展到多种结合体形式与分子场景。
arXiv cs.AI44 天前
★ 3
SimpleDesign：蛋白质序列与结构联合设计模型
蛋白质功能由氨基酸序列与三维结构的复杂交互决定。SimpleDesign 提出联合模型，避免现有多阶段训练中先训自编码器再训生成模型的流程，实现序列与结构的协同设计。
Apple Machine Learning Research52 天前
★ 3
ABLE基准：评估LLM智能体使用蛋白质设计工具的能力
ABLE基准测试评估LLM智能体在双重用途蛋白质设计工作流中使用生物AI模型（如ProteinMPNN和AlphaFold3）的能力。测试发现，15个前沿模型中7个拒绝所有任务，其余模型表现差异显著，Claude Sonnet 4和Gemini 3 Pro得分最高。结果表明LLM能降低蛋白质设计门…
arXiv cs.AI53 天前
★ 2
PairFuse 将预训练全原子表示泛化到统一结合体设计
arXiv 论文提出参数高效方法 PairFuse，通过轻量逐层适配器把预训练全原子表示融入独立预训练的几何隐扩散模型。适配器一方面丰富分子块特征，一方面把成对结构信息注入去噪器，作者从理论上证明其保持几何并增强注意力表达力。在抗体、多肽与小分子结合体设计基准上均优于原扩散模型与既有融合基线。
arXiv cs.LG2 天前
★ 2
PIDiff 联合离散与 SE(3) 扩散设计蛋白质界面
论文提出 PIDiff，将离散序列空间扩散与连续 SE(3) 结构流形扩散耦合，用于靶标条件化的蛋白质序列与结构共设计。配套 PIFormer 架构与 PIBench 数据集，在 minibinder 与抗体设计任务上优于基线。
arXiv cs.AI18 天前
★ 2
Mirror-Score：D肽设计的校准评分框架
针对D肽计算设计不成熟、ProteinMPNN原始NLL排序未经验证的问题，论文提出Mirror-Score校准式推理评分框架，并发布31个晶体复合物基准。研究发现原始NLL并非有效亲和力排序器，而Boltz-2镜像空间共折叠置信度在病毒入侵家族上达到结构级Spearman 0.90。跨家族校准不…
arXiv cs.AI32 天前