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研究提出蛋白质潜在语言实现自回归生成
研究者提出两种可学习的潜在蛋白质语言：PLL 将序列映射到基于冻结 ESM-2 的 4096 状态上下文词表，SLL 则适配 GCP-VQVAE Lite 并保留骨架坐标解码。在各自 token 上预训练自回归模型得到 PLLM 与 SLLM，序列生成中低熵样本比例下降 54%，结构预测困惑度降低…
arXiv cs.LG27 天前
#ESM-2
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arXiv 论文提出 PH-GNN：用持续同调实现跨物种离子通道分类
该 arXiv 论文指出，蛋白质分类器在随机划分训练集和测试集时会产生系统发育泄漏，导致模型高估其在分布外数据上的表现，这在按离子通道靶点分类毒液化合物时尤为明显。作者将跨物种预测建模为结构化分布偏移，融合 ESM-2 序列嵌入与图注意力网络，并系统比较五种结构归纳偏置。在留一分类群评估下，持续同…
arXiv cs.LG10 天前