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PFArena：蛋白质改造语言模型基准
论文推出 PFArena 基准，包含四个受控任务接口，覆盖单突变生成与多突变排序，并按突变适应度数据可得性划分四种研究场景。评估涵盖 6 个蛋白质语言模型、6 个通用大模型与 5 个 LLM 智能体。结果显示模型表现随目标特异性实验证据变化：PLM 擅长开放式单突变生成，LLM 与智能体在多突变排…
arXiv cs.AI38 天前
#蛋白质语言模型
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ProtLingo：高效蛋白质语言模型
ProtLingo是一种高效的蛋白质语言模型框架，通过条件局部记忆和稀疏专家路由增强预训练单序列骨干网络。实验表明，在蛋白质适应度预测等任务上，该模型以1.5亿参数规模达到竞争性能，具有强参数效率。
arXiv cs.AI56 天前
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稀缺数据下多任务ProtBERT识别无序蛋白
论文提出MT-ProtBERT，面向低数据场景的ProtBERT多任务扩展，整合动态窗口掩码、多尺度一维卷积分类器与生化先验辅助目标。在磷酸化位点预测与蛋白紧致度预测两个小数据集任务上，MT-ProtBERT全面超越基于RNN的IDP专用模型PARROT。结果表明自监督与生化任务结合可提升数据稀缺…
arXiv cs.LG40 天前
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DPTM-DT：双预训练 Transformer 多任务药物靶点预测
论文提出 DPTM-DT 框架，融合 GROVER 分子图嵌入、ESM 蛋白语言模型嵌入与 CTD 理化描述符，并通过双向跨模态注意力交换药物-靶点信息。共享对表示同时用于亲和力回归、高亲和力二分类与六级亲和力分类，在 Davis 和 KIBA 数据集上均取得最优综合表现。消融表明双靶点表示、门控…
arXiv cs.LG41 天前