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CELLAUDIT：审计智能体发现细胞模型的输入使用声明
论文指出 AI 虚拟细胞仅凭留出预测性能无法证明真正使用了给定扰动信息，提出 CELLAUDIT 审计框架，检验输入能否进入所引计算、预测是否依赖它、该依赖是否改善对观测响应的预测。在 BBBC047 基准上，智能体选出的预测器虽达 0.3153 的 PCC，却对化合物替换保持不变。引入证伪引导的…
arXiv cs.LG39 天前
#生物信息
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arXiv 论文用深度生成模型推断复杂进化系统发育树
论文提出一族基于离散扩散框架的条件生成模型，用于从序列推断系统发育树，支持自顶向下、中间向外、自底向上三种构建范式。在多达 65 个分类单元、超 10 万 token 的真实与合成数据集上，模型恢复 MCMC 后验的准确度显著优于此前最优的 Phyloformer 2，并在更真实数据上比常用但设定…
arXiv cs.LG18 天前
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稀缺数据下多任务ProtBERT识别无序蛋白
论文提出MT-ProtBERT，面向低数据场景的ProtBERT多任务扩展，整合动态窗口掩码、多尺度一维卷积分类器与生化先验辅助目标。在磷酸化位点预测与蛋白紧致度预测两个小数据集任务上，MT-ProtBERT全面超越基于RNN的IDP专用模型PARROT。结果表明自监督与生化任务结合可提升数据稀缺…
arXiv cs.LG40 天前
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MIRCID：推断枢纽miRNA提升药物机制建模
研究提出MIRCID框架，通过HubmiRNet从L1000标志基因推断414个泛癌枢纽miRNA，在通路分类与药物机制检索任务中优于转录因子活性特征。结果表明推断miRNA可作为转录组数据的生物学重编码，提升扰动药物建模的跨任务表现。
arXiv cs.LG42 天前