DPTM-DT:双预训练 Transformer 多任务药物靶点预测
原文标题:DPTM-DT: Dual-Pretrained Transformer Multitask Representation Learning for Drug-Target Prediction
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论文提出 DPTM-DT 框架,融合 GROVER 分子图嵌入、ESM 蛋白语言模型嵌入与 CTD 理化描述符,并通过双向跨模态注意力交换药物-靶点信息。共享对表示同时用于亲和力回归、高亲和力二分类与六级亲和力分类,在 Davis 和 KIBA 数据集上均取得最优综合表现。消融表明双靶点表示、门控融合与跨模态注意力各有贡献。
- 问题
- 药物-靶点预测中药物/蛋白表示不完整、跨模态交互浅、回归与分类任务分开训练。
- 方法
- 融合GROVER分子图、ESM蛋白语言模型与CTD描述符,用双向跨模态注意力共享对表示做多任务学习。
- 结果
- Davis随机80/20划分MSE/CI为0.193/0.917,KIBA为0.120/0.918,综合表现优于对比方法。
- 影响
- 多任务共享表示加跨模态注意力可同时提升亲和力回归与分类,适合药物筛选与重定位场景落地。
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