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SpecOpt：面向结合特异性的智能体分子优化接触差推理方法
研究提出SpecOpt任务，通过对现有化合物做受约束的结构修饰，提升其对目标靶点相对脱靶的结合偏好。团队构建ChEMBL衍生基准，并开发智能体框架，利用残基感知的原子-蛋白接触差异信息指导LLM提出修饰方案。在915个化合物上，84.8%的化合物靶点-脱靶结合差距得到改善，平均差距从-0.72提升…
arXiv cs.AI42 天前
#分子优化
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ReMedI：推理时精炼与自蒸馏实现可控分子优化
论文提出 ReMedI 框架，将分子语言模型作为基础提议器，在推理阶段用 Metropolis-Hastings 搜索引导多目标分子编辑。搜索轨迹再蒸馏回基座模型，仅需 C-MORAL 约 1/7.8 的训练数据，严格成功率覆盖达其 2.8 倍。
arXiv cs.LG7 天前
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PMO-Dock 基准发布：分子对接优化评测新协议
研究者提出 PMO-Dock，一个面向基于对接（docking）的分子优化基准与评测协议，包含 25 项任务，覆盖命中生成、先导优化以及新增的特异性任务（要求强靶向结合并惩罚脱靶作用）。协议将模型开发与最终评测分离，测试任务在严格 oracle 预算下评估，以贴近真实药物发现场景。作者对 Satu…
arXiv cs.LG18 天前
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