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RiboBridge 框架发布：蛋白质条件 RNA 结合体从头设计
研究者提出 RiboBridge，一种结构优先的框架，将 RNA 构象生成与蛋白质-RNA 组装分离。该方法先在蛋白表面提出候选结合界面，在预训练 RNA 结构潜空间生成构象，再预测相互作用约束完成刚性放置。在 124 个蛋白-RNA 复合物基准上，其 fNAT 与 DockQ 最高、界面与配体 …
arXiv cs.LG10 天前
#蛋白质结构
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研究提出蛋白-配体结合预测结构方法评估指南
一项研究针对基于结构的蛋白质-配体结合预测方法提出系统性评估指南，旨在规范该领域方法的比较与验证流程。指南有望提升药物发现中计算预测结果的可信度与可复现性。
Nature Machine Intelligence10 天前
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用图神经网络预测跨膜蛋白拓扑
论文提出用图神经网络 SchNet 从 3D 结构推断蛋白质拓扑结构，训练数据与 DeepTMHMM 相同并采用五折交叉验证。与仅使用序列或 α-碳特征的传统方法不同，该模型使用全部原子级嵌入，且未使用任何预训练权重。结果显示 GNN 在拓扑预测上具有很大潜力。
arXiv cs.AI35 天前