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GyroNovo：误差引导的肽段从头测序框架
针对串联质谱从头肽段测序中谱图稀疏、噪声大、碎片缺失的问题，该研究提出 GyroNovo 框架。它利用训练中观察到的解码器误差来调整缺失碎片插补目标，并通过旋转嵌入将峰间质量差编码进自注意力。在 NovoBench 上，肽段级精度提升约 9 个百分点，氨基酸级精度提升约 7 个百分点。
arXiv cs.LG35 天前
#质谱分析
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GRACE：早期融合几何残差加合物条件化预测碰撞截面
碰撞截面（CCS）是离子迁移质谱中常用的分子注释描述符，但预测困难，因为其反映气相分子离子的尺寸、形状与电离状态。多数预测器忽略显式3D结构或将加合物身份作为晚期类别特征。作者提出GRACE，通过早期融合的几何残差加合物条件化适配预训练分子几何编码器，在9000余条实验记录上三种划分均取得最佳平均…
arXiv cs.LG49 天前
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质谱指纹预测的最近邻基线再评估
近期研究表明最近邻检索在MS/MS谱分子指纹预测上是强基线，部分变体可媲美甚至超越深度学习模型。本文系统比较多种最近邻变体，分析推理时可用信息假设差异对性能的影响，旨在建立更严格的基线以推动该领域更严谨的评测。
arXiv cs.LG28 天前