arXiv 论文:扰动预测模型能否学到基因互作?
原文标题:Do Perturbation Predictors Learn Gene Interactions? Diagnosing Extrapolation in Agentic Screening
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一篇 arXiv 论文研究高通量扰动筛选中的基因组合外推问题:当两个基因各自在训练中出现、但其组合未出现时,标准 OOD 方法往往失效。作者提出「加性分歧」(AD)指标,用模型预测与单基因效应相加基线的差值衡量额外互作效应,发现偏离加性基线越大的预测误差越大,且 AD 在多个数据集和模型上比常规置信度信号更稳定,可用于指导智能体扰动筛选流程。
- 问题
- 预测未见基因组合效应时,标准OOD方法因单基因均熟悉而失效。
- 方法
- 提出加性分歧AD,用模型预测与两单基因效应之和的差值衡量额外互作,替代常规置信度信号。
- 结果
- 在八种方法与三个Perturb-seq数据集上,专用神经预测器未稳定超过简单加性基线,AD跨设置保持有效。
- 影响
- 做扰动筛选的团队可用AD判断哪些组合预测不可信,指导智能体实验优先级。
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