分子机器学习结构不相交划分随库规模漂移
原文标题:Critical Mass: Structure-Disjoint Splits Drift With the Libraries They Are Built On
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论文指出分子机器学习用于评估分布外性能的结构不相交划分规则在库规模扩大后失效。在 227,690 个分子的公开库上,单链接聚类在 MCES 距离阈值 10 下导致图渗流,单一连通分量占 95.5%,测试集被限制在 4.5%。作者提出优化判据,将 2.6×10^10 分子对缩减至 1.15×10^7 个整数规划,节省 2,259 倍。
- 问题
- 分子机器学习的结构不相交划分规则在库规模扩大后失效,测试集被严重压缩。
- 方法
- 提出可容许界与并查集跳过的优化判据,在保持无损划分前提下使大规模计算可行。
- 结果
- 227,690 分子库上单一连通分量占 95.5%,测试集上限 4.5%;分子对从 2.6×10^10 降至 1.15×10^7,节省 2,259 倍
- 影响
- 提醒现有分子基准把结构新颖性误当外推能力,评估结论可能不可靠。
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